¿Tienes tu gestor de ventanas saturado de efectos? ¿Usas el cubo de compiz? me pasaba lo mismo y era peor aún con blender, un día, por otra razón me vi obligado a quitar absolutamente todos los efectos y monerías que había puesto, estaba usando oneiric pero con la versiṕon de gnome clásica, desde que dejé de usar cosas innecesarias todo empezó a funcionar de maravilla, actualmente los uso con gnome sin efectos y va muy bien, mejora aún más bajo xbuntu